Muratoğlu, İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı Terör ve Örgütlü Suçlar Soruşturma Bürosu'nca yürütülen FETÖ soruşturması çerçevesinde, 15 Aralık 2016 tarihinde tutuklanmıştı.
Muratoğlu'nu 2 yıl, 1 ay hapis cezasına çarptıran İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi, tutuklu kaldığı süreyi göz önünde bulundurarak 15 Haziran 2016'da tahliye kararı vermişti.
Hürriyet'te yer alan habere göre, İstanbul Bölge Adliye Mahkemesi 2. Ceza Dairesi, tahliyesinin ardından kararı istinaf yasa yoluna götüren Muratoğlu'nun itirazını haklı bularak alt mahkemenin verdiği mahkumiyet kararını bozdu.
İddianamede dahi örgüt adına işlenen bir suçtan bahsedilmediği, silahlı terör örgütüne yardım etme suçunun ise unsurlarının oluşmadığı belirtilen kararda, mahkeme masraflarının hazineden karşılanacağı ve Muratoğlu'nun suç işlemediği halde tutuklu kalmasından kaynaklanan mağduriyeti nedeniyle tazminat davası açma hakkının olduğu da ifade edildi.
